在现今的医药招商市场中，代理制与自营两种经营模式是比较普遍的。东方医药网指出医药招商企业需要对这两种模式区别对待才能得到更好的发展，要认清两种经营方式的不同，以便在决策时做出正确的选择。

两种模式在医药招商企业的出厂价格的概念上也有着实质性的区别，代理制更接近于药品的实际生产成本，自营则是包含全部渠道费用和终端费用在内的营销费用，更接近于批发价。运输成本和生产成本也是一样，并没有考虑到差异化。规模化和小批量的生产成本和运输成本完全不同。常规经营和特定紧急情况下的药品经营成本也完全不同。

代理方式实际相当于医药招商企业营销外包，按新政策制定药品价格时就需将这部分外挂费用包括相应增加的财务费用加进企业的期间费用中。同样，对外企等采用自营模式的企业其成本中已包含全部营销费用，流通环节差价率中只体现正常的商业费用就可。

东方医药网指出代理制并非造成天价药的根源，代理制的出现有其特定的国情，新医药招商企业没有几个能够负担得起建立全国庞大的终端销售队伍，直接进行医院销售的巨大投入。如果真正说到降低药价，厂家直接面对患者销售药品是最扁平化最经济的方式，但很不现实，也不符合药品经营管理规定。